Comme toutes les autres sociétés savantes, l'académie de Dijon disparait le 8 août 1793. S'ensuit une période trouble, où elle réapparait en 1798 sous le nom de Société libre des sciences, arts, et agriculture de Dijon, avant d'à nouveau se dissoudre et renaître sous son nom de l'Ancien Régime.
Reconnue d'utilité publique en 1833, l'Académie de Dijon travaille depuis lors, "dans la seule vue du bien public", à l'étude et au développement des sciences, des lettres et des arts.
Elle compte des membres résidants (50), non-résidants, d'honneur, des correspondants et des associés (350 environ). Son prix annuel maintient la forme originale du concours tel celui remporté par J.-J. Rousseau en 1750. Elle publie tous les 2 ans, alternativement, ses "Mémoires" et les "Mémoires de la Commission des antiquités du département de la Côte-d'Or", rattachée à elle en 1922.