En juin 1752, les lettres patentes royales instaurent l'Académie accordant ainsi à la capitale comtoise une distinction analogue à ses voisines Nancy et Dijon. Cette consécration officielle permettait au pouvoir royal d'organiser et d'unir les talents issus des identités bien rélles qu'étaient alors les provinces. L'Académie fut supprimée en 1793, elle devait renaître en 1804. En 1827, elle accueillait à titre de correspondant Victor Hugo.
A l'instabilité socio-politique du XIXe siècle succédèrent les bouleversements socio-culturels du XXe siècle. L'accroissement de la connaissance scientifique entraîna une nouvelle évolution et n trouve dans ses publications des conférences sur la radio, l télévision, la photographie, la radioactivité...
Fidèle à sa tradition, l'Académie poursuit son œuvre d'épanouissement intellectuel et culturel.
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