Fondée par un groupe d'endocrinologues belges, cliniciens et biologistes, qui faisaient après-guerre régulièrement des communications devant la Société française d'Endocrinologie (Paris), publiant également dans ses Annales d'endocrinologie. Quelques pères fondateurs, au nombre desquels J. Lederer (secrétaire général 1953-1977) sentirent venu le temps de fonder "leur" propre Société homologue.
Elle organise annuellement un congrès (23e en 2013) et l'attribution de deux prix.