Allen Whipple est un chirurgien américain.
Il effectue sa formation médicale à la Princeton University et obtient son doctorat en chirurgie au Collège des Médecins et Chirurgiens de l'Université de Columbia en 1908.
Il est nommé professeur de chirurgie au Centre Médical Presbytérien de Columbia en 1921 et y exerce jusqu'en 1946.
Il est principalement connu pour une opération du cancer du pancréas, à laquelle il laisse son nom, tout comme au diagnostic insulinomique intitulé "triade de Whipple".
Il est élu correspondant étranger de l'Académie de médecine pour la division de chirurgie le 25 mars 1947.