Édouard Filhol est un médecin français.

Il effectua sa formation médicale à Paris, où il obtint un doctorat en pharmacie en 1839, un doctorat en chimie en 1844 et un doctorat en médecine en 1848.

Il fut professeur de chimie et de pharmacie à l'Ecole de médecine de Toulouse, qu'il dirigea à partir de 1858. Il fut également professeur de chimie à la Faculté de sciences de la même ville de 1854 à 1883.
Il dirigea aussi le Muséum de Toulouse de son ouverture en 1865 à 1872.
Ses travaux importants en chimie, et principalement en chimie hydrologique, lui ont donné une grande notoriété. Il réalisa de nombreuses études sur les eaux des Pyrénées, et participa à l'essor du thermalisme.

Par ailleurs, il fut maire de Toulouse de 1867 à 1870.

Il est élu correspondant national de l'Académie de médecine pour la division de physique et chimie médicales le 16 octobre 1860. Il est élu associé national le 11 juillet 1865.
Il fut promu officier de la Légion d'honneur en 1866.