Charles Auffret est un médecin français.

Né en 1838, il était entré au service de la Marine en 1856 comme chirurgien de 3e classe il fut bientôt appelé à l'École de Brest, où il enseigna successivement l'anatomie, la physiologie, la médecine opératoire et la clinique chirurgicale. Nommé Directeur du service de Santé en 1892, il passa à Rochefort, puis à Brest. Devenu plus tard Inspecteur général, il fut appelé à la Présidence du Conseil de Santé de la Marine à Paris.

Il a fait des travaux remarqués sur divers points de la chirurgie, notamment sur les diverticules intestinaux, sur le prolapsus du gros intestin, sur les occlusions intestinales, sur les lésions traumatiques de l'urètre, etc.

Il est élu correspondant national de l'Académie de médecine pour la division de pathologie chirurgicale le 21 mars 1899.