François Aubert est un chirurgien militaire français.
Il est le fils de Charles Aubert, procureur de la sénéchaussée de Toulon et Marie Catherine Laurence Favier de la Roche, dont le parrain est François Aubert, notaire royal à la Valette.
François Aubert commence sa carrière dans l’armée, en 1798, en tant qu’employé dans les hôpitaux de la mer en qualité de chirurgien auxiliaire de 3e classe. A partir de 1819, il devient professeur de matière médicale et continue à Toulon. Il est chirurgien en chef de l'hôpital de Toulon et président du Conseil de santé du port de Toulon de 1842 à 1848.
Il est élu adjoint correspondant pour la section de médecine de l'Académie de médecine le 5 avril 1825.
Il est nommé chevalier de la Légion d’honneur en 1824 puis officier en 1838.