Fils de Cognasse Desjardins, ancien chirurgien des camps et armées, et de Louise-Catherine Renaudot, Claude-Jean-Cognasse Desjardins, devenu orphelin très tôt, est élevé par un parent. Après ses études au collège de Troyes, il devient élève en chirurgie à l’Hôtel-Dieu puis suit les cours de la Faculté de Montpellier. Sa thèse porte sur les songes.
Il s’installe ensuite à Sens où il est médecin en chef des hospices et médecin des épidémies. Il perd son épouse en 1809, se remarie mais perd sa seconde épouse en 1812. En 1813, il se porte médecin militaire dans les provinces illyriennes avant d’être licencié en 1814. Il revient à Troyes, s’y remarie, mais se met en retrait de sa profession.