Avec l'entrée en vigueur du traité de réunification le 3 octobre 1990, la société savante est séparée de l'organisme de recherche et des autres activités. Les projets de recherche et les fonds de l'Académie passent à l'Académie des sciences de Berlin-Brandebourg fondée en 1992 qui se présente également dans le prolongement de la tradition de l'Académie de Prusse. Les instituts de l'Académie sont dissous le 31 décembre 1991 et en partie refondés dans le giron d'autres organisations telles que la Leibniz-Gemeinschaft, la Helmholtz-Gemeinschaft ou la Société Max-Planck. Une soixantaine de membres de l'ancienne académie de la RDA fondent en 1993 une institution savante appelée la Leibniz-Sozietät (de).