À sa fondation, l'Académie se composait de trois classes sciences naturelles, sciences exactes et beaux-?arts. En 1851, les deux premiers se sont réunis dans la classe de sciences et le second a donné naissance à la classe de lettres.
L'Académie des sciences de Lisbonne se compose de deux classes académiques, la classe de sciences et la classe de lettres, et comprend l'Institut des hautes études et l'Institut de lexicologie et de lexicographie de la langue portugaise.