Fondée par Geoffray Saint Hilaire en tant que Société zoologique d'acclimatation. Reconnue d'utilité publique . Le 6 octobre 1860, Napoléon III, en compagnie de l'impératrice inaugure le Jardin qui compte plus de 110 000 animaux en 1866. Après la chute du Second Empire, la Société impériale devient Société nationale d'acclimatation. Face au développement industriel, les préoccupations évoluent. Dès le début du XXe siècle, la Société se tourne vers la protection de la nature.
En 1906, elle inspire la création de la Société des amis de l'éléphant.
Elle publie la Revue d'écologie - La Terre et la Vie
et Le Courrier de la Nature,