C’est en 1802 que fut crée une société tontinière, notamment animée par Jean Philippe Gaspard Camet de la Bonnardière, maire du XIème arrondissement (l'actuel Vème), La Société fut bientôt en charge de l’administration du temporel des Frères des Écoles chrétiennes du faubourg Saint-Antoine. En 1845, la Société devenait Société de Saint-Augustin, puis Société civile immobilière en 1921, et enfin Société de Port-Royal. Elle hérita d'une partie des archives des Frères des Écoles chrétiennes du faubourg Saint-Antoine et des Sœurs de Sainte-Marthe.
Aujourd'hui, la Société de Port-Royal se consacre à la gestion du patrimoine historique et culturel dont elle dispose, à savoir la Bibliothèque de Port-Royal, à Paris.

La Société de Port-Royal a fait don à l'Etat des ruines de l'abbaye de Port-Royal le 13 septembre 2004, ce qui a permis la réunification du site de Port-Royal des Champs.