Le CTHS est composé de neuf sections, de commissions nécessaires à l’accomplissement de ses missions, en particulier d’une commission de publication. Il est doté d’une commission centrale et d’un bureau. Chaque année, de nouveaux membres sont élus.

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Le 4 juillet 2017, la commission centrale du CTHS a ratifié les élections de nouveaux membres, organisées au sein des sections. Section d’histoire et d’archéologie des civilisations antiques Membres titulaires : Stéphanie Anthonioz, professeur à l’université catholique de Lille ; Laurent Haumesser, conservateur au musée du Louvre. Jean-Pierre Laporte est nommé membre émérite. Section d’histoire et de philologie des civilisations médiévales Membres titulaires : Hélène Biu, maître de conférences ; Hélène Debax, professeur d’histoire médiévale à l’Université de Toulouse Jean-Jaurès ; Charles Mériaux, professeur d’histoire du Moyen âge à l’Université de Lille 3 ; Fabio Zinelli, directeur d'études, EPHE. Pascale Bourgain est nommée membre émérite. Section d’histoire du monde moderne, de la Révolution française et des révolutions Membres titulaires : Dominique Le Page, professeur d’histoire moderne à Dijon ; Isabelle Luciani, maître de conférences, université d’Aix-Marseille ; Olivier Poncet, directeur d’études à l’Ecole nationale des chartes. Sylvie Desachy est nommée membre correspondante. Section d’anthropologie sociale, d’ethnologie et des langues régionales Membre titulaire : Cyril Isnart, chargé de recherche au CNRS. Section des sciences, d’histoire des sciences et des techniques et de l’archéologie industrielle Membres titulaires : Eric Buffetaut, directeur de recherche émérite au CNRS ; Piotr Daszkiewicz, chargé de mission scientifique au MNHN : Guy Lambert, maître de conférences à l’Ecole nationale supérieure d’architecture de Paris-Belleville ; Valérie Nègre, professeur d’histoire de l’architecture à l’Ecole nationale supérieure d’architecture de Paris La Villette. Simone Mazauric , Françoise Boucher, Alexandre Herlea et Alain Coutelle sont nommés membres émérites. Section des sciences géographiques et environnement  Pierre Pinon et Cécile Souchon sont nommés membres émérites.